Nikolaus Hagen schloss 2018 seine Promotion an der Universität Innsbruck ab und arbeitete seitdem an diversen Ausstellungs- und Forschungsprojekten mit, unter anderem am Jüdischen Museum München. Er war außerdem als Postdoctoral Research Fellow am Fortunoff Video Archive for Holocaust Testimonies der Yale University sowie am Wiener Wiesenthal Institut für Holocaust-Studien tätig.

Seine Forschungsarbeiten beschäftigen sich unter anderem mit nationalsozialistischer Kulturpolitik in Tirol und Vorarlberg, mit sogenannten „Mischehen“ während der Zeit des nationalsozialistischen Regimes sowie mit der Nachkriegsmigrationsgeschichte und Displaced Persons-Forschung in Österreich. Derzeit ist er Claims Conference Saul Kagan Fellow in Advanced Shoah Studies. Er ist u.a. Mitherausgeber des 2022 erschienen Sammelbands „Displaced Persons-Forschung in Deutschland und Österreich. Eine Bestandsaufnahme zu Beginn des 21. Jahrhunderts“.